La presencia humana en el territorio de Fuente-Tójar sigue siendo una realidad en los primeros siglos de la época medieval. Aunque las crónicas musulmanas, no la mencionan, los diversos materiales de la época islámica aparecidos en su término perteneciente a la comarca de priego, son un indicio claro de dicho doblamiento. La actual Fuente-Tójar, que parece tene sus orígenes en la época moderna, aparece citada por al-Idrisi como una alquería ( Tushar al-Ayn), concretamente la séptima estación, en la ruta que iba de Córdoba a Almería pasando por Granada.
Sus tierras, así como lo que quedase de su población – si aún pervivia-, quedaron vinculadas, una vez reconquistadas por Fernando III, a la orden militar de calatrava en 1245, al igual que toda la zona de Priego. Aunque en la centuria siguiente volverán al poder de los musulmanes, serán incorporadas de nuevo a territorio cristiano por Alfonso XI en 1341, integrándose a partir de este momento en la abadía de Alcalá la Real. Desde 1370, cuando Enrique II concede a Gonzalo Fernández de Córdoba la villa y castillo de Priego, se vincularán – Según señala M. Nieto Cumplido – a la casa de Aguilar; sin embargo, para M. Peláez del Rosal, esta incorporación no tendrá lugar hasta mediados del siglo XVI, su término será en algunas ocasiones paso obligado para las tropas cristianas durante la conquista del reino de granadino.