Durante los siglos de la Edad moderna Fuente-Tójar era una de las numerosas aldeas que salpicaban el territorio de Priego, cuyo concejal municipal dependía. En el terreno eclesiástico estaba vinculada a la abadía de Alcalá la Real, si bien eran los clérigos de la parroquia prieguense de la Asunción quienes quienes atendían las necesidades espirituales de los tojeños. El continuo crecimiento demográfico experimentado entre el vecindario – algunos datos parroquiales apuntan a que en el Siglo XVIII los vecinos llegaban a 175 – hizo que en 1779 se crease una ayuda de parroquia, concedida por el abad de Alcalá, lo que suponía un reconocimiento a la creciente importancia de aquel núcleo de población. Era el comienzo de un camino que culminaría en 1844 con una real orden de Isabel II donde se reconocía a Fuente-tójar como una entidad municipal independiente, lo que supuso la constitución de su propio Ayuntamiento y la adjudicación de término.
El termino municipal de tenía una extensión de 5.213 fanegas. De ellas, en el siglo XVII, unas 15.000 correspondían al consejo municipal de Priego y otras 2.250 a los marqueses de Priego. Una parte importante del reto eran baldíos pertenecientes a la corona.